Campania din Egipt este al doilea mare război a lui Bonaparte.
Filozoful Leibnito îi prezentase lui Ludovic al XIX-lea un memoriu în care îl sfătuia pe regele Franţei să cucerească Egiptul, ministrul de externe Talleyrand a susţinut acest plan în modul cel mai hotărât.
Îndată ce a cucerit Veneţia, Bonaparte a ordonat unuia dintre generalii aflaţi în subordinea sa să ocupe insulele Ionice. În timpul primei sale campanii din Italia Bonaparte nu încetase să se gândească la Egipt.Atribuia o valoare imensă Insulelor Ionice şi de aceea spunea el că "mai curând ar renunţa la Italia, pe care abia o cucerise decât la insulele Ionice".În acelasi timp sugera insistent cucerirea Maltei.Toate aceste baze militare din mediterana îi erau necesare pentru a organiza un viitor atac asupra Egiptului.
Acum după Campo-Formio, când Austria era pusa la respect şi Anglia rămăsese principalul adversar, Napoleon Bonaparte a depus toate eforturile pentru a convinge directoratul să-I pună la dispozitie o armată şi o flotă cu care să poată cuceri Egiptul.Dar Talleygrand şi Bonaparte n-au fost nevoiţi să se ostenească prea mult ca să obţină banii, soldaţii şi flota cu care avea să se intreprindă îndepartata şi periculoasa campanie.Astfel expediţia a fost deja hotărâtă.Comandant suprem a fost numit generalul Bonaparte.
A inceput numai decât o o febrilă activitate de pregătire a campaniei.În timp ce inspecta flota şi coastele, timp ce-şi forma corpul expediţionar şi urmărea cu atenţie escilaţiile politice mondiale, Bonaparte işi alegea aproape individual soldaţii cu care avea să plece in
Egipt, dintre cei care luptaseră sub comanda sa in Italia.
La 19 Mai 1978 totul era gata la Toulon flota lui Bonaparte ridica ancora.Aproape 350 de nave mari si mici pe care s-a imbarcat corpul expediţionar aveau să strabată Mediterana aproape de la un capăt la altul şi trebuia să evite escadra lui Nelson care ar fi tras in ei şi scufundat navele.
Toata Europa ştia ca undeva se pregateşte o expediţie pe mare.Foarte abil, Bonaparte a raspândit zvonul ca vrea să treacă Gibraltarul, să inconjure Spania şi să debarce în Irlanda.Zvonul a ajuns la urechile lui Nelson şi in timp ce amiralul englez îl astepta pe Napoleon în apropiere de Gibraltar , flota franceza iesea din port şi pornea spre Malta.Ajuns în faţa insulei Bonaparte cere şi obtine predarea acesteia şi o proclamă posesiune a Republicii Franceze.După câteva zile de staţionare, Bonaparte işi continua drumul şi a atins coasta egipteană la 30 iunie,dar pe când ajunse escadra engleză sosise deja cu 48 de ore înaintea lui unde s-au infomat despre Bonaparte, dar fiindcă nu auzise nimeni vorbindu-se desore generalul francez, Nelson a pornit numaidecât spre Constantinopole. Aceste greşeli ale lui Nelson au salvat flota franceză.
După ce a debarcat, Bonaparte căuta să arate că el nu este in război cu sultanul. După câteva ore de lupta a ocupat Alexandria şi şi-a făcut intrarea in acel vast şi pe atunci destul de bogat oraş.
După câteva zile petrecute la Alexandria, Bonaparte s-a indeptat spre sud şi s-a afundat adânc in deşert.Trupele sale sufereau de sete, Mamelucii se retrageau incet, hărtuindu-I din când in când pe francezi şi fugind iute pe frumoşii lor cai.
La 20 iunie 1798, în apropierea piramidelor mamelucii au suferit o înfângere totală.Îndată dupa aceasta victorie,Napoleon a intrat in Cairo unde găsind o mare cantitate de provizii alimentare, armata s-a odihnit după grelele marşuri.Odată instalat în Cairo el a întreprins organizarea administraţiei.Se reglementa perceperea dărilor şi a impozitelor.Bunurile beilor nesupuşi aveau să fie confiscate în folosul tezaurului francez.
Aici Bonaparte s-a străduit să lichideze raporturile feudale.Odată terminată instaurarea noului regim politic în ţara proaspăt cucerită, Bonaparte şi-a inceput pregătirile pentru o nouă expediţie.Îşi propunea să invadeze Siria, dar a hotărât să nu-I ia cu el pe savanţii aduşi din Franţa. Bonaparte n-a manifestat vreun respect deosebit pentru cercetările savantilor contemporani, dar işi dădea perfect seama ce mari foloase poate aduce un savant dacă îi dai anumite sarcini concrete şi din acest punct de vedere el se purta cu multa simpatie faţă de cei pe care îi luase cu el.Chiar şi faimosul său ordin "măgarii şi savanţii la mijloc"nu făcea altceva decăt să arate preocuparea lui faţă de cei pe care dorea să-I puna în siguranţa pe lângă măgari, care erau aneimale neperţuite în acea expediţie şi anume savanţii.
Pentru expediţia din Siria francezii aveau destule provizii de hrană,dar nu aveau bani.Atunci generalul Kleber,guvernator al Alexandriei, l-a arestat pe un fost şeic al oraşului (pentru a face rost de bani) sub acuzaţia de trădare. Acesta putea scăpa doar dacă plătea 300.000 franci aur.Refuzând să plătească Napoleon a ordonat decapitarea acestuia.Cu toate eforturile banii ascunşi de şeic nu au fost găsiţi, dar după cele întâmplate, câţiva arabi bogaţi au dat tot ce li s-a cerut.
La sfârşitul lui octombrie 1798 s-a ajuns la încercarea de răscoala în Cairo,răscoala a avut răsunet prin satele apropiate. Auzind Bonaparte, l-a trimis pe adjutantul său Croisier să masacreze toţi barbaţii din acel trib, iar pe femei şi pe copii să-I ducă la Cairo. Ordinul a fost executat intocmai. Mulţi copii şi femei au murit înainte să ajungă la Cairo, iar la câteva ore după aceea in piaţa principală din Cairo au apărut măgari cu saci în spate.Din saci se rostogoleau capetele bărbaţilor executaţi din tribul care s-a răsculat.
Amiralul Nelson descoperise escadra franceză care staţiona în Abikir şi o distruse complet.O armată turcă a fost trimisă în Siria. Bonaparte a pornit spre Siria in intâmpinarea turcilor. Marsul spre Siria a fost foarte greu din cauza lipsei de apă.Unul după altul începând cu El-Apris, oraşele I s-au predat lui Bonaparte.După ce a trecut ismul Suez a pornit asediul asupra Iaffeila 4 martie 1799. Oraşul nu a capitulat, a fost luat cu asalt in 6 martie şi soldaţii au trecut prin sabie toţi locuitorii ce le cădeu în mâini.Putin după aceasta Bonaparte află că 4000 de soldaţi turci ce au rămas in viaţă s-au închis cu armament cu tot într0un loc întărit.Turcii au fost de acord să se predea cu condiţia să le fie cruţată viaţa, altfel luptă până la ultima picătură de sânge.
Deşi ofiţerii francezi le-au promis viaţa a patra zi Bonaparte a ordonat impuscarea lor.
Bonaparte îşi continua apoi înaintarea spre cetatea Acra, fiindcă ciuma gonea din urmă armata franceză.Asediul Acrei a durat 2 luni şi s-a sfarşit fără succes.La 20 mai 1799 dupâteva asalturi nereuşite, francezii au fost nevoiţi să ridice asediul şi armata franceză s-a întors în Egipt. Cetatea Acra a rămas cel mai îndepartat punct de pământ răsăritean ce I-a fost dat să-l atingă.
Întoarcerea a fost şi mai grea.În cursul acestui penibil drum de întoarcere din Siria în Egipt comandantul suprem a împartit cu armata toate greutăţile.
La 14 iunie 1799, armata lui Bonaparte se înapoia in Cairo. La Abuchir a poposit o armată trucă care dorea să elibereze Egiptul de invazia francezilor, dar la 25 iunie Bonaparte atacă armata turcă şi o zdrobeste. Napoleon o ordonat să nu fie luaţi prizonieri, ci toţi să fie împuşcaţi.
Prin această victorie cuceririle franceze păreau pe deplin asigurate pentru câţiva ani, dar a apărut un eveniment neaşteptat după ce a aflat ultimele stiri.
A ordonat să se echipeze în cel mai mare secret 4 nave şi la 23 august 1799 a plecat spre Franţa.