In ciuda raporturile bune dintre papa Grigorie cel Mare si Imperiu, intre episcopul Romei si cel de la Constantinopol au aparut in aceasta perioada unele neintelegeri. In anul 595, papa anula in mod oficial condamnarea a doi clerici greci, Ioan si Atanasie, acuzati de erezie de catre patriarhul Ioan Postitorul. Mai mult decat atat papa i-a invitat pe cei doi la Roma. Cazul ilustreaza faptul ca Grigorie era constient de pricipatus roman definit de predecesorii sai. El era gata sa largeasca semnificatia canoanelor sinodului de la Sardica din 343, care permiteau Romei anularea sentintelor altor mitropolii si stabilirea unor curti de appel, din care urmau sa faca parte episcopii diocezelor vecine. In cazul celor doi clerici mentionati, Grigorie a adoptat o procedura directa, cazul fiind judecat la Roma. Cu toate acestea el nu nega locul al doilea dupa Roma al episcopului de la Constantinopol si inaintea Alexandriei. Aceasta ordine, care fusese stabilita la Sinodul de la Constantinopol din 381, dar contestat de Leon in secolul al V-lea, aparea in scrisoarea lui Grigorie din 590, prin care anunta alegerea sa . Acest realism al papei cu privire la pozitia scaunului «Noii Rome», nu-l va impiedica sa protesteze impotriva titlului de «patriarh ecumenic» folosit de Ioan Postitorul. Contestat si de predecesorul lui Grigorie, Pelagiu al II-lea in 588, titlul fusese utilizat de mai multe ori de catre Ioan Postitorul in corespondenta sa cu Roma din 595 cu privire la preotii Ioan si Atanasie. In scrisorile adresate patriarhului Ioan Postitorul, imparatului Mauriciu si imparatesei Constantina, papa Grigorie demonstra o necunoastere a semnificatiei termenului de «ecumenic». Folosit mai inainte de catre patriarhii Alexandriei, Constantinopolului si a altor scaune, chiar si de Roma, titlul de «ecumenic» (oikoumenikos) afirma o autoritate in cadrul «pamantului locuit» (oikoumene), termen care desemna in mod practic Imperiul . El era aplicat de facto numai patriarhului de la Constantinopol. In constiinta bizantina nu se punea problema negarii autoritatii «apostolice» si morale a vechii Rome, deoarece titlul era folosit si in cazul episcopului de la Roma. Asimilarea sa la sfarsitul secolului al VI-lea, reflecta probabil dorinta episcopilor de la Constantinopol de a-si face cunoscuta influenta „imperiala” asupra rezistentei monofizite. Cu toate acestea, Grigorie cel Mare a dat acestei probleme o dimensiune ecleziologica care demonstra pe de-o parte ca folosirea excesiva a unor titluri bizantine era straina spiritului latin, iar pe de alta parte ca existenta unui «episcop universal» era exclusa, aici fiind inclus si el. h9s15sr
Prin traducerea incorecta a cuvantului «ecumenic» cu «universal», papa il acuza pe patriarhul Ioan de un orgoliu de neiertat. «Luandu-si titlul de episcop universal» scria papa Grigorie imparatului, patriarhul de la Constantinopol «juca practic rolul antihristului, deoarece chiar si Apostolul Petru, caruia Hristos i-a incredintat turma Sa, nu l-a numit niciodata episcop universal» . El insista asupra acestei idei, pe care o strecoara in scrisorile adresate colegilor sai, patriarhii Anastasie al Antiohiei si Evloghie al Alexandriei. Rezultatul a fost nefavorabil, in raspunsul sau, Anastasie insinuand ca papa a reactionat astfel din gelozie. La randul sau, Evloghie era ceva mai conciliant, spunand ca pentru «a-l asculta pe Grigorie», nu va folosi pentru colegul sau de la Constantinopol titlul de ecumenic. Mai mult decat atat pentru a place lui Grigorie, Evloghie i se adresa cu titlul de papa universal, care nu avea nimic exceptional, fiind folosit des pentru episcopul de la Roma. Cu toate acestea papa Grigorie cel Mare protesta: «…Eu va cer sa nu mai folositi acest titlu, atunci cand vorbiti de mine. Eu stiu cine sunt, iar voi cine sunteti. Prin rang voi sunteti fratele meu, dupa morala parintele meu. Eu nu am dat un ordin, ci numai am indicat ce mi s-a parut necesar. Am spus ca voi nu trebuie sa folositi titlul de episcop universal, atat pentru mine cat si pentru altii. Onoarea mea este Biserica Universala, vigoarea unita a fratilor mei. Ceea ce ma onoreaza cu adevarat este faptul ca nimeni nu refuza onaorea ce i se cuvine. Sa dispara cuvintele care pot spori vanitatea si care ranesc milostenia» .
La moartea patriarhului Ioan Postitorul in 595, succesorul sau a continuat sa foloseasca titul de «patriarh ecumenic», iar imparatul Mauriciu va ordona papei ca subiectul sa fie inchis. Este greu de crezut ca papa Grigorie a transformat conceptia autoritara a primatului, pe care o aveau predecesorii sai, Victor si Stefan, Damasus, Leon sau Ghelasie. Grigorie nu era in opozitie cu conceptiile contemporanilor sai, iar ecleziologia papala exprimata in Decretum Gelasianum ii era straina. Ca toti papii din aceasta perioada, papa Grigorie se considera drept un succesor al lui Petru, pe care-l aprecia ca sursa a puterii episcopale, dar nu vedea Roma ca pe o putere dominanta in raport cu ceilalti episcopi . El este deci un martor al «ecleziologiei comuniunii», care a pastrat unitatea dintre Orient si Occident de-a lungul primului mileniu al istoriei crestine.