Pe ruinele Imperiului bizantin au fost organizate sub forma feudala o serie de pricipate latine vasale: regatul Tesalonicului, care-l avea in frunte pe Bonifaciu de Monferrat, ducatul Atenei si al Tebei, pe care-l conducea Otto La Roche si principatul Ahaiei condus de Guillaume de Champlitte si Godeffroy de Villeharduin. Dupa incoronarea ca imparat a lui Balduin I (1204-1205), el a incercat sa justifice papei Inocentiu al III-lea atacul asupra Constantinopolului. Astfel, el motiva jafurile si uciderile prin faptul ca «grecii schismatici se sustrageau de sub autoritatea papei», iar ceea ce s-a intamplat pana la urma era pedeapsa pentru detronarea lui Alexios al IV-lea, care promisese unirea Bisericilor . Balduin prezenta ceea ce se intamplase ca fiind lucrarea lui Dumnezeu in favoarea latinilor drept credinciosi si impotriva grecilor schismatici. Cu alte cuvinte, latinii deveneau instrumentul razbunarii lui Dumnezeu. Papa era invitat la Constantinopol, unde urma sa aiba loc sinodul care urma sa supuna Biserica greaca, celei Romane: «… acum ti-a pus Dumnezeu dusmanii scaun picioarelor tale. Sufla in trambita preoteasca in Sion, aduna poporul, batranii si pruncii, lauda ziua stabilita unirii si pacii» . k2m23mi
In speranta ca orasul cucerit putea deveni o baza a viitoarelor operatiuni cruciate, Inocentiu al III-lea a autorizat stationarea trupelor latine la Constantinopol, dezlegandu-le de juramantul facut pentru cruciada . Papa era insa nemultumit de alegerea venetianului Toma Morosini in scaunul de patriarh al Constantinopolului, o persoana deloc supusa scaunului papal. Din acest moment intre papalitate si venetieni s-a declansat o lupta surda, pentru controlul a cat mai multor cladiri din oras. Printr-o scrisoare din 7 noiembrie 1204, Inocentiu al III-lea ii sfatuia pe bizantini sa completeze parohiile parasite de greci, cu clerici latini, iar in locurile unde populatia era majoritar bizantina clericii puteau fi greci numai in cazul in care primisera hirotonia de la episcopi latini . Aceasta politica aparent toleranta s-a schimbat radical in urmatorii ani: clericii greci care refuzau sa-l pomeneasca la Sfanta Liturghie pe papa si pe patriarhul latin erau alungati din parohiile lor, unele biserici au fost inchise, unii calugari au fost chiar inchisi si maltratati . Cu toate aceste masuri care urmareau supunerea Bisericii Ortodoxe celei Catolice, clerul a ramas in marea lui majoritate atasat valorilor Ortodoxiei.
In acest timp, greseala cea mai mare pe care au facut-o latinii a fost deteriorarea relatiilor cu Ionita Caloian (1197-1207), tarul Imperiului romano-bulgar. La inceputul anului 1204, in schimbul recunoasterii titlului sau regal, Caloian se oferise sa-i ajute pe latini la cucerirea Constantinopolului. In acest sens, Inocentiu al III-lea a trimis in noiembrie 1204 un legat al sau care urma sa-l incoroneze pe Caloian, gestul urmand sa consfiinteasca catolicizarea Bisericii bulgare. Prin pretentia de mostenitor al basileilor bizantini, Balduin I a stricat ceea ce dorea sa infaptuiasca papa. In urma conflictului armat de la Adrianopole din 1205, Balduin a fost infrant, facut prizonier si a murit intemnitat la Tarnovo. Acest nou conflict a evidentiat emanciparea Statelor slave a caror apropiere de latini era pur teoretica. Chiar daca atat tarul bulgar sau regele sarb Nemanja primeau coroana de la Inocentiu al III-lea, gestul arata ca in acel moment se putea vorbi de 5 Imperii in crestere de putere, toate ortodoxe si toate urmarind acelasi scop: recucerirea Constantinopolului si reconstituirea unui Imperiu pe care grecii s-au aratat incapabili sa-l pastreze. Fiecare din aceste puteri ortodoxe au manifestat o anumita tonalitate «nationala», evidenta mai mult la sarbi si bulgari si ceva mai nuantata la Statele grecesti, printre care putem identifica trei «Grecii»: una pontica, Trebizonda, a doua anatoliana, Niceea, iar ultima net balcanica, Epirul. In acest sens, anul 1204 a permis lansarea unor originalitati locale, care si-au disputat pana la victoria otomana, diferitele tendinte contradictorii, expansiunea imperiala si afirmarea pe plan local. Cu toate acestea, ambitiile grecesti si slave nu erau comparabile: grecii aveau de partea lor o puternica traditie imperiala si structuri administrative evoluate, care s-au repliat in Trebizonda, Niceea si Epir. Din 1208 Niceea a adaugat un atu esential sistemului teocratic ce urma a fi reconstruit: incoronarea unui imparat roman, Teodor Laskaris, de catre un patriarh al Constantinopolului in exil, gest pe care altii nu ar fi indraznit sa-l imite. Din acest moment, Niceea pornea la un drum destul de greu, pentru ca cei din dinastia Laskaris aveau de luptat nu numai cu latinii, dar si cu concurentul epirot sau cu partidul anatolian din interior, dominat de conducatorii locali care preferau consolidarea unui Imperiu asiatic.
Linistea Laskarizilor a fost tulburata mai intai de Balduin I, care incredintase insotitorilor sai mari feude dincolo de Marea Marmara: feuda Niceei i-a revenit lui Louis Blois, un nepot al regelui Angliei, care in noiembrie 1204 trimitea o armata ce urma sa revendice chiar si prin forta domeniile sale din Asia Mica. In urma bataliei care a avut loc pe 6 decembrie 1204, Laskarizii au fost infranti. In acest moment grecii erau amenintati cu pierderea Niceei, ultimul centru de rezistenta din Asia Mica. Pana la urma salvarea a venit in urma interventiei din Europa a lui Ionita Caloian, care a permis in 1206 incoronarea oficiala ca imparat a lui Teodor Laskaris. Schimbarile de atitudine ale bulgarilor au durat pana la moartea tarului Ioan Asan al II-lea in 1241. Datorita pozitiei sale, Niceea a putut adopta pana la urma cea mai buna tactica: inainte de a trece in Tracia, Ioan al III-lea Vatatzes (1222-1254), ginerele lui Teodor Laskaris, a supus majoritatea insulelor Marii Egee. In aceeasi perioada Epirul, putere terestra, i-a atacat pe bulgari, care in 1230 obtin o victorie decisiva asupra lui Teodor Anghelos la Klokotnitsa, in Macedonia. Moartea lui Asan al II-lea a coincis cu invazia mongola, care practic a eliminat orice posibilitate de riposta a bulgarilor. In conditiile in care Vatatzes a scapat de pericolul oriental, prin interventia mongolilor in sultanatul de Rum, Epirul ramanea singurul potential concurent la recucerirea Constantinopolului. Pana la urma despotatul a fost deposedat de perspectiva unui destin imperial: repliat in partea de Vest a Balcanilor, atacat de niceeni care au ajuns sub Teodor al II-lea, fiul lui Vatatzes (1254-1258), pana la Adriatica, ei au dus o politica de aliante cu occidentalii: Venetia, regatul din Neapole si principatul Ahaiei. Acestei atitudini Niceea i-a raspuns prin atacuri repetate asupra Constantinopolului, soldate in cele din urma cu recucerirea Constantinopolului in 1261 de catre Mihail al VIII-lea Paleologul (1258-1282). Momentul a avut o semnificatie mai mult simbolica, conferind ultimei dinastii bizantine o legitimitate pe care nimeni nu si-a mai putut-o asuma dupa 1204.
La 1261 procesul de recucerire era inca departe de a fi realizat pe deplin. Alaturi de Epir, Ahaia ramanea francilor, careia Mihail al VIII-lea Paleologul nu reusise sa-i cucereasca decat trei fortarete, dintre care si viitoarea capitala, Mistra. La randul ei, Venetia ramanea stapana marilor, care prin porturile si insulele ce le detinea in lumea bizantina, isi putea permite sa atinga oricand coastele grecesti, Bosforul si Asia Mica. La aceste potentiale pericole se mai adauga intregul Occident, care nu se putea multumi ca anul 1204 sa fie un moment de profit trecator, iar anul 1261 unul de abandon, mai ales ca in 1266, papa punea pe tronul Neapolului un adversar al Bizantului, Carol de Anjou, fratele lui Ludovic al IX-lea.
Din stransoarea occidentala Mihail al VIII-lea a reusit sa scape prin intermediul diplomatiei: tripla alianta dintre Bizant, sultanatul mameluk din Egipt si hanatul mongol, care domina la vremea aceea bazinul pontic si partea orientala a Mediteranei, precum si conciliul de la Lyon din 1274. Eficacitatea acestor manevre diplomatice s-a putut observa imediat: in 1281, cind Roma a inteles manevra Bizantului, Mihail isi intarise deja pozitia in Albania, iar o noua coalitie latino-slava luase nastere, la care se alaturase si Venetia.
In 1204 Imperiul bizantin nu a luat sfarsit, dar situatia era inedita deorece de la Constantin cel Mare el se confunda cu capitala sa. Intre 1204 si 1261 numai orasul nu si Imperiu a fost intr-o asa-numita stare de somnolenta, iar icoana Maicii Domnului din Vlaherne se spune ca nu a mai savarsit nici o minune in acest interval. Trebizonda, Epirul si Niceea s-au considerat Imperii in exil, dar cel care a jucat un rol international deosebit a fost acela care a recucerit Constntinopolul in 1261. Prin aliante politice si matrimoniale, Trebizonda a ramas in mod oficial un Imperiu subordonat Constantinopolului, in timp ce Epirul care a disparut dupa 1350 s-a multumit cu titlul de despotat. In ciuda expansiunii lor, Statele slave, Bulgaria, Serbia sau Rusia, au continuat sa recunoasca inca din punct de vedere politic si religios Constantinopolul ca fiind centrul unei lumi coerente, in care prezida un singur imparat. Primele semne ale schimbarii acestei ordini, au aparut dupa 1261: sub autoritatea mai mult teoretica a Constantinopolului, realitatile locale s-au dezvoltat si s-au multiplicat, lasand tot mai putin loc interventiei directe a imparatului; in 1275, Tesalia, numita mai tarziu «Marea Valahie» a refuzat hotararile Conciliului de la Lyon, ducand din acest moment o politica contrara celei imperiale. Ideea Imperiului nu a disparut, dar au inceput sa se afirme originalitatile locale, ai caror conducatori, arhontii, se acomodau mult mai usor unor necesitati punctuale pentru ca proveneau din acel mediu.